1943年10月，因毗邻阵地被苏军突破，舍尔纳的阵线发生动摇。他还冒着纷飞的炮火，指挥部队在苏军形成的合围辟上打开了一条3公里宽的缺口，从这弹雨密布的狭窄缺口里，硬是把部队撤了出来。他的表现使部下充满信心，也给德军最高统帅部留下了深刻印象。防守第聂伯河的战斗中，舍尔纳表现了对所属部队的负责精神。当时他的防御阵地上在第聂伯河东岸有一个桥头堡，苏军对其攻击相当猛烈，把他指挥的第二十二军的力量都牵制在这里，并且正被苏军从三面逐渐包围。他请求从该桥头堡撤出，却遭到希特勒的拒绝。舍尔纳在同下级军官们经过认真研究情况之后，感到如果按照元首的命令坚持不撤退的话，整个二十二军就会全军覆没。他果断地下了撤退的命令，成功地又一次救出了全体官兵。
1944年3月，舍尔纳获得银橡叶骑士铁十字勋章，并调任陆军总司令部的“国家社会主义指挥部”主任这个后来遭到许多人非难的职务。实际上，他刚到任不久，就同国社党的书记长博尔曼发生了激烈的争论。舍尔纳任职14天后，就晋升成为上将，又升任成南乌克兰集团军群总司令（该集团军群驻克里米亚、罗马尼亚及喀尔巴阡山地区）。舍尔纳上任后的第一个任务是把部队撤过德涅斯特河。正当德军准备放弃敖德萨时，突然遭到苏军猛烈的突击，德军在季利古尔河的防御被突破，预定的退却变得极为困难。舍尔纳当机立断，命令在德涅斯特河停止退却，马上进行防守作战。在他有效的指挥下，德军顶住了苏军的突然打击。有组织地完成了退却，最后一批部队还在退出敖德萨时，于4月9日，彻底破坏了一切重要军事设施。但是克里米亚德军第十七集团军的退却却非常仓猝，在苏军的猛攻下。德军和罗马尼亚军队损失惨重。第十七集团军在坚固的塞瓦斯托波尔要塞从4月15日开始并持续三个星期与苏军不断激战，苏军在强大航空兵和炮兵支援下，逐渐把顽抗的德军各师逼到旧堡垒线。
1944年5月7日夜间，苏军猛烈的强攻开始，直持续到第二日傍晚，突破了德军最后的抵抗，攻占了城市和港口，彻底歼灭了德军第十七集团军，俘虏了10万人。接着苏军深入罗马尼亚境内，并进至匈牙利东部边界。舍尔纳将自己集团军群的新编第六、第八集团军及编进其中的罗马尼亚部队撤至多瑙河下游及巴尔干半岛的接近地，构筑了沿德涅斯特河下游并经雅西向喀尔巴阡山伸延的防线。他抓紧时间让部队进行十分需要的喘息和休整，把坦克师普遍撤到后方进行补充，对步兵的补充却只能是尽力而为，因为兵员极度缺乏，弹药通常只勉强够用。希特勒于5月中旬责成东线德军“在任何情况下都要扼守所占领的地区”。
1944年7月，德军北方集团军群司令官弗里斯纳上将同希特勒在撤退问题上发生了长时间争论，争论的结果，是舍尔纳与他互换了位置。这可能是在以前的战斗中，舍尔纳在希特勒的心目中留下了“中流砥柱”的好印象。这位前南乌克兰集团军群司令官，手拿拐杖、身穿大裤腿裤子、常戴一副太阳镜指挥他纪律严明的部从作战，他以勇敢、果断成为德军中的传奇式人物，被希特勒赞扬为“果敢而不怕危机的指挥官”。舍尔纳新任北方集团军群司令官后，希特勒给他的命令是：应在原来的阵地作战，直到南面新调来的兵力组成强大坦克集群。舍尔纳下属的两个集团军司令向他指出，勉强恢复的防御如没有坦克师，就抗不住俄国人的突击，实际上，坦克师的抽调一天天、一星期一星期地拖延下来，因为不断发生新的危机，这些危机没有坦克是无法对付的。面对只有22个疲惫和溃败中的德军师却要对抗苏军100个装备精良的满员师；以1辆德国坦克对抗10辆苏军坦克，炮兵和弹药的比例悬殊更大的局面，舍尔纳决心仍然必须沿纳尔瓦河及在楚德湖地区扼守战线。这时，他收到“自由德国民族委员会”的大批劝降信，但丝毫不为所动。可是其毗连西德维纳河的南翼部队，在苏军猛攻下不得不正向西北方向退却。7月27日，陶格夫匹尔斯失守。7月29日，苏军经包斯卡和叶尔加瓦进抵图库姆斯附近的里加湾，切断了北方集团军群向东普鲁士退却的道路。舍尔纳只能在西德维纳河以南留下的大登陆场掩护里加和自己集团军群的后方。
8月11日前舍尔纳的部队退到叶卡布皮尔斯、古尔贝内、佩齐雷、楚德湖一线。在西德维纳河以南，苏军利用在这里防守的德军弱点，向西北方向和西方实施深远突击。在西北方向，苏军的先遣队已进至库尔谢奈、希奥利艾以西地区。情况严重，德陆军参谋总长古德里安立即重提了撤退北方集团军群的问题，但是遭到希特勒最激烈的反对。希特勒几天后要求立即再调一个坦克师经图库姆斯附近德军经过反突击打开的缺口驰援北方集团军群（早在这之前已根据他的命令空运了一个步兵师归舍尔纳调遣）。他宁可听任北方集团军群重新遭到合围，也不愿改变以坦克加强该集团军群的打算。而北方集团军群遭到合围的威胁在随后几日确实已越来越明显。在整个8月份，苏军在该集团军群东翼对其实施了最猛烈的进攻。尽管德军纳尔瓦战役集群同第十八集团军在普斯科夫湖西岸的联系被苏军切断，该集群仍在舍尔纳的命令下扼守着纳尔瓦地峡。苏军经佩乔雷向沃鲁进攻，于8月14日夺取了沃鲁。几天后，他们强渡了连接普斯科夫湖与楚德湖的狭窄支流，并使这一突击与南面的包围相结合，开始从东面和南面威胁塔尔图。舍尔纳指挥所属部队进行了困难而又顽强的抵抗，血战直到8月底，塔尔图才失守，随后这一方向上他就再也无能为力了。
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